Aunque se le ha atribuido un origen visigótico, según la Biblia de Juan y Vimara (año 920) de la catedral de León, donde se explica la vida de San Froilán, obispo de aquella diócesis entre el 900 y 904, el monasterio fue fundado por él con el apoyo de Alfonso III de Asturias (866-910), a finales del siglo IX. También se menciona que se trataba de un monasterio doble, con una comunidad masculina y femenina y que tenía seiscientos monjes, cifra desproporcionada. Este monasterio es reconocido a causa de su escritorio de que se han conservado algunos códices de aquella época como el Beato de Tábara (968-970) obra de Magius, Emeterius y Senior, elaborado al menos en parte en este lugar y que ahora se conserva en el Archivo Histórico Nacional. El Beato de Girona (finales del siglo X) obra de Senior, Ende y Emeterius, la coincidencia de algunos de ellos lo relaciona con el Beato de Tábara y este monasterio. También se ha vinculado a Tábara el Beato Morgan (siglo X), procedente de San Miguel de Escalada que encargó su elaboración, obra de Maius y que se conserva en la la Pierpont Morgan Library de Nueva York.

En 988 este monasterio debió sufrir los efectos de una razzia de Almanzor y en 1099 figura como una de las propiedades de Elvira de León, hija de Fernando I, lo que muestra que hasta ese momento aún tenía actividad. La iglesia conserva dos inscripciones relativas a su construcción, una es del siglo X, donde se menciona el abad Arandisclo, y la segunda que pertenece a una consagración del 1137. Durante la primera mitad del siglo XII el territorio de Tábara, incluyendo el monasterio pasó a manos de la orden del Temple lo que provocó enfrentamientos entre el obispado y aquella orden. Hay constancia de la existencia de una encomienda templaria de tipo rural en este lugar a principios del siglo XIV, vinculada a la de Carbajales de Alba. En el lugar que ocupaba el antiguo monasterio de San Salvador se levanta la iglesia de Santa María de Tábara.