El lugar de Benifassà fue entregado en 1208 por el rey Pere el Catòlic a Guillem de Cervera con el fin de repoblarlo, este Guillermo se hizo monje de Poblet y cedió los derechos a la comunidad cisterciense. Jaume I confirmó la cesión en 1233 con el fin de fundar un monasterio. Ese mismo año, Poblet envió doce monjes, que se establecieron en el antiguo castillo sarraceno de Beni Hassan (Benifassà) mientras condicionaban el nuevo monasterio. La construcción comenzó seguidamente y el 1250 se pudieron trasladar los monjes, en 1262 comenzaba la construcción de la iglesia, que posiblemente ya estaba acabada en su mayor parte en 1276, aunque su construcción se prolongó en el tiempo. Mientras, se fue repoblado ese territorio, que sería conocido con el nombre de Tinença de Benifassà.

A partir de aquí el monasterio de Benifassà fue acumulando, no sin tropiezos y desavenencias, un importante patrimonio. Ponç de Copons fue abad de Benifassà (1312-1316) antes de ser elegido abad de Poblet (1316-1348) y convertirse en una figura decisiva en la historia de este último monasterio. Su decadencia comenzó en el siglo XVII con la Guerra de los Segadores, después vendría la Guerra de Sucesión, nunca logró recuperarse de manera estable.