L’église de Marsat est mentionnée dès le VIᵉ siècle par Grégoire de Tours, à l’occasion d’une visite. Le prieuré bénédictin féminin est également d’origine ancienne et, selon la tradition, il aurait été fondé par l’évêque Priest de Clermont (†676) et saint Calmin (VIIᵉ siècle), fondateur, entre autres, des monastères de Saint-Chaffre (Haute-Loire) et de Mozac (Puy-de-Dôme). Sainte Namadie, épouse de Calmin, serait entrée dans cette communauté.
Le prieuré de Marsat dépendait depuis longtemps de l’abbaye de Mozac, situation confirmée par le pape Alexandre III en 1165. Tant l’abbaye de Mozac que le prieuré de Marsat furent soumises à l’abbaye de Cluny en 1095. Grâce à la dévotion populaire envers la Vierge, Marsat devint un établissement important, doté d’une communauté riche et nombreuse. Par la suite, il entra en déclin et, en 1546, fit l’objet d’une réforme disciplinaire. La communauté subsista jusqu’à la Révolution, époque à laquelle elle fut définitivement dissoute et ses biens vendus.
L’église subsiste, bien que très remaniée : elle conserve une nef du Xᵉ siècle, ainsi qu’une seconde nef, ajoutée au XIIᵉ siècle pour répondre aux fonctions paroissiales ; leurs chevets respectifs datent des XVIᵉ et XIVᵉ siècles. Elle est actuellement église paroissiale et abrite une statue romane de la Vierge, dont la restauration au XIXᵉ siècle a donné une coloration noire. On conserve également d’importants vestiges du cloître et de la salle capitulaire.
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